В новой драме Netflix «Раскопки» Маллиган снялась с Рэйфом Файнсом. Картина основана на реальных событиях Второй Мировой войны. Сюжет рассказывает о вдове, которая верит, что на её земле спрятаны сокровища.
В 2018 году Маллиган была номинирована на Independent Spirit Award в категории «Лучшая актриса в главной роли» за роль в драме Пола Дано «Дикая жизнь» (студия IFC) с Джейком Джилленхолом. Премьера картины состоялась на кинофестивалях в Сандэнсе, в Каннах, в Торонто, в Нью-Йорке и в Лондоне. В том же году актриса сыграла в спектакле одного актёра Girls & Boys, сценаристом которого выступил Деннис Келли, а режиссёром – Линдси Тёрнер. Премьера состоялась на подмостках театра Royal Court Theatre в Вест-Энде, позднее постановка перекочевала на Бродвей. Маллиган также снялась в минисериале BBC «Соучастник» по сценарию Дэвида Хэа.
В 2017-м актрису можно было увидеть на канале Netflix в роли Лоры в военной драме Ди Риис «Ферма „Мадбаунд“». Картина получила премию Роберта Олтмена на церемонии вручения Film Independent Spirit Award. Актёрский состав фильма был отмечен специальным призом жюри на церемонии вручения Gotham Award и номинирован на премию Гильдии киноактёров.
В 2015 году актриса снялась в роли Мод в биографической драме Сары Гаврон «Суфражистка» с Мэрил Стрип. За эту работу Маллиган была номинирована на британскую Independent Film Award в категории «Лучшая актриса». В том же году она появилась в мелодраме Томаса Винтерберга «Вдали от обезумевшей толпы» с Маттиасом Шонартсом и была номинирована на премию Лондонского сообщества кинокритиков в категории «Лучшая актриса».
Среди других работ Маллиган стоит отметить роли в комедийной драме Итана и Джоэла Коэнов «Внутри Льюина Дэвиса» с Оскаром Айзеком, в драме База Лурмана «Великий Гэтсби» с Леонардо ДиКаприо, в драме Стива МакКуина «Стыд» с Майклом Фассбендером, в триллере Николаса Виндинга Рефна «Драйв» с Райаном Гослингом. Её можно было увидеть в фильмах «Уолл стрит: деньги не спят», «Не отпускай меня», «Братья», «Джонни Д.», «Самый лучший», «Когда ты в последний раз видел своего отца?» и «Гордость и предубеждение». Телезрители могли видеть актрису в фильмах «Мой мальчик Джек», «Нортенгерское аббатство», «Испытание и возмездие: Грехи отца», а также в сериалах «Доктор Кто», «Потрясающая миссис Притчард», «Воскрешая мёртвых», «Мисс Марпл» и «Холодный дом».
На сцене Вест-Энда Маллиган дебютировала в компании Билла Найи в 2014 году в пьесе Стивена Долдри «Верхний свет» по получившей премию Лоуренса Оливье пьесе Дэвида Хэа. Год спустя спектакль был поставлен на Бродвее, а Маллиган была номинирована на Drama League Award, Drama Desk Award и «Тони». На Бродвее Маллиган дебютировала в 2008 году в роли Нины в спектакле «Чайка». Ту же роль она сыграла на сцене театра Royal Court Theatre за год до этого. Среди других театральных работ актрисы стоит отметить роли во внебродвейской постановке «Сквозь тёмное стекло» в 2011 году и в спектакле «Ипохондрик» (театр Almeida) в 2005 году. Актриса дебютировала на сцене в театре Royal Court Theatre в 2004 году в спектакле «Сорок мгновений».
Она активно участвует в деятельности сообщества по борьбе с болезнью Альцгеймера после того, как в 2004 году её бабушке был поставлен этот диагноз. Маллиган участвовала в недельной кампании сообщества по борьбе с деменцией, направленной на сбор средств на национальном ТВ. Актриса является представителем благотворительной организации War Child, которая оказывает поддержку детям, вовлечённым в вооружённые конфликты.
Маллиган вместе со своей семьёй живёт в Лондоне.